Wartburg 1.3, който се произвежда между октомври 1988 г. и април 1991 г., е последният модел на източногерманската марка. На външен вид той представлява стилистично актуализирана версия на своя двутактов предшественик Wartburg 353, като основната разлика в неговата конструкция е в наличието на 1,3-литров четиритактов четирицилиндров двигател.
Предисторията на модела започва още през 1984 г., когато между Източна и Западна Германия е подписан договор за лицензното производство на 1,3-литровия двигател EA111 на Volkswagen Polo, което започва в завода на Barkas в Карл-Маркс-Щат (днес Кемниц). Двигателят обаче се оказва твърде дълъг, за да бъде поставен надлъжно във Wartburg 353, както и за да се побере между предните колела при напречно монтиране. Първоначално е направен един прототип с надлъжно разположен двигател и характерно оформление на предната част, наречен Nasenbär. В крайна сметка Wartburg избира напречния вариант, което налага разработването на нова трансмисия, както и изцяло нова структура на предната част и двигателния отсек. Следата е разширена с 10 см отпред и с 6 см отзад, а това от своя страна налага и леко разширение на навесите на отворите на калниците. Новото задвижване също така означава, че скоростният лост трябва да се премести от кормилната колона на пода.
Външният вид също е частично осъвременен с изцяло нови панели на предната и задната част, модерни пластмасови брони и спойлер на задния капак, като след всички направени промени технически и стилистични промени се оказва, че разходите за новата разработка далеч надхвърлят предварително заложените инвестиции. По тази причина Wartburg 1.3 е почти два пъти по-скъп от 353 W и се продава изключително трудно още от самото начало. Затова и двутактовият вариант продължава да се прави паралелно с него, като производството му е преустановено едва към края на 1989 г., когато пазарът на ГДР е залят от вносни западни автомобили. След обединението на Германия през октомври 1990 г. Wartburg 1.3 вече не е конкурентен и производството му е силно редуцирано.
В този период моделът се предлага и във версия пикап, наречена Wartburg 1.3 Trans, от която са направени само около 920 бройки. Фирмата Karmann от своя страна предлага луксозен вариант на модела, който е наречен Tourist L, който се отличава със стъклен люк на покрива, тонирани прозорци и подобрен интериор. Една от другите известни западногермански фирми Irmscher разработва модернизирана по-спортно изглеждаща версия с 14-цолови алуминиеви джанти, наречена 1.3 New Line. През 1990 г. в завода в Айзенах е направен и опитен вариант, оборудван с 1,4-литров двигател Renault, а през юли същата година мощността на двигателя на серийния вариант е увеличена от 58 на 64 к.с. Междувременно е взето решение за ликвидиране на автомобилното производство в завода на Wartburg, който преустановява дейността си през 1991 г., а на негово място е изградено новото съвместно предприятие Opel Eisenach, където започва производството на Opel Vectra.
За две години и половина от Wartburg 1.3 са произведени общо 152.757 екземпляра, като половината от тях са продадени в чужбина.
