Второто поколение на A3, което се отличава със забележително развитие по време на деветгодишния си период на производство, претърпява големи промени – от двигател с помпа-дюза до Common-Rail. През 2004 г. моделът с пет врати се появява с решетката Singleframe; от юни 2005 г. с нея е оборудвана и версията с три врати. Гамата на двигателите е доста широка: бензинови от 102 до 340 к.с., дизелови от 90 до 170 к.с., от 2006 г. се предлага и трансмисия с два съединителя DSG. Топмоторизация: RS 3 с 5-цилиндров агрегат с 340 к.с. и двойно задвижване.
Слаби места: при 2.0 TDI моторите (код BKD) има проблеми с цилиндровите глави. Съединителят и двумасовият маховик не успяват да издържат на въртящия момент на TDI двигатели. Има сервизна акция във връзка с хидравличната помпа на съединителя (10/2003 – 6/2005). При Common-Rail-моторите има съобщения за повреда на тръбопроводите за налягането (2010 до 2012); при DSG-трансмисията от 9/08 до 7/09 чрез ъпдейт на софтуера е решен проблема с превключването на по-ниска предавка. Постоянна тема: дефектни ангренажни вериги при 1.2 и 1.4 TFSI.
